Wieś swoją nazwę zawdzięcza rzece Krutyni, nad którą leży. Już w XVII wieku na mapach Narońskiego miejscowość funkcjonuje pod używaną obecnie nazwą Krutynia. Sama nazwa „Krutynia” pochodzi z języka staropruskiego spokrewnionego z językiem litewskim. Etymologicznie oznacza ona rzekę krętą i wartką (niektórzy błędnie nazwę wywodzą z określenia krótki).
Historia miejscowości sięga czasów zakonu krzyżackiego – powstała w okolicach 1500 roku, kiedy to Zakonem Krzyżackim rządził Wielki Mistrz Fryderyk z Miśni. Początkowo pełniła rolę obronnej stanicy myśliwskiej w puszczy należącej do wujostwa siesieńskiego. Stanica szybko została przebudowana na zameczek myśliwski, w którym już w 1527 roku schronił się Książę Albrecht uciekając przed panującą w Prusach dżumą. W zameczku tym kilkukrotnie przebywał także kurfirst Jerzy Wilhelm w czasie wojny trzydziestoletniej na początku XVII wieku. Jeszcze w pochodzących z 1674 roku dokumentach wspomina się o istnieniu w Krutyni zameczku.
W połowie XVII wieku oprócz zameczku, w którym mieszkał nadleśniczy strzegący lasów w obwodzie kapitanatu siemieńskiego, powstała osada, w której zamieszkali głównie drwale, tracze i inni pracownicy leśni. Ten fakt związany był z intensywną eksploatacją puszczy nastawioną na podniesienie dochodów państwowych.
W 1751 roku w okolicach rzeki Krutynia powstała Krutyńska Szklarnia – pierwsza huta szkła na tych terenach. Istniała wprawdzie bardzo krótko – bo do 1776 roku, ale dała początek wsi zwanej obecnie Starą Uktą.
Końcem XVIII wieku w okolicach miejscowości Krutyń funkcjonowały jeszcze dwa przysiółki Krutyńska Karczma oraz Krutyński Piecek.
Krutyń jest dość popularną turystyczne wsią. Odwiedzał go w latach trzydziestych ubiegłego wieku Melchior Wańkowicz, który wraz z córeczką przebywał na Mazurach. Echa tych wczasów można znaleźć w powieści „Na tropach Smętka”. W Krutyniu mieszkał znany pisarz i badacz mazurskiego folkloru Karol Małłek, dzięki któremu znane są stare, zanikające w dzisiejszych czasach zwyczaje mazurskie związane głównie z dożynkami oraz „jutrznią na gody”, która jest odpowiednikiem jasełek.
Ciekawostką są organizowane we wsi Krutyń i znane w całej Polsce spływy rzeką Krutynią na pych. Tę widowiskową atrakcję warto zobaczyć.